예전 bebop님이 쓰시던 LINUX/98/2000 컴퓨터는 다음과 같이 되어 있었다고 하더군요.
[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect
c:\BOOTSECT.DOS="Mircosoft 한글 Windows 98"
c:\BOOTSECT.LNX="Debian GNU/Linux 2.2 Stable"
저 역시 이 부분을 직접 다뤄본 적은 없기에
명쾌하게 답변 드릴 수는 없으나
이 boot.ini 파일을 적절히 수정하거나 혹 제거하시면
멀티 부팅의 문제는 해결하실 수 있을 겝니다.
또 NT 부트로더에 대해서는 역시 검색엔진을 사용하시면
자세한 정보를 얻을 수 있을 것입니다.